Los Planes de Actuación de cada ministerio, cuentan con el visto bueno del Ministerio de Economía y Hacienda y son coherentes con el Plan de Austeridad de la Administración General del Estado para el periodo 2011-2013.
Existe también una Estrategia de Territorialización del II Plan impulsada por la Federación de Municipios y Provincias (FEMP), dando cumplimiento al fomento de las actividades locales en el desarrollo de los objetivos de la Alianza de Civilizaciones.
Una de sus novedades más relevante es la incorporación de objetivos y proyectos propuestos por instituciones culturales y de diplomacia pública, tales como Casa África, Casa América, Casa Árabe, Casa Asia, Casa Mediterráneo, Casa Sefarad-Israel, así como el Real Instituto Elcano, el Instituto Cervantes, el Instituto Europeo del Mediterráneo, la Fundación Carolina, la Fundación Pluralismo y Convivencia, la Fundación Tres Culturas, la Fundación Euroárabe de Altos Estudios o la Universidad Internacional Menéndez Pelayo.